พิพิธภัณฑ์พญานาค เป็นอาคารรูปทรงพญานาค สูง 29 เมตร ยาว111.5เมตร กว้าง 5 เมตร พื้นที่ใช้สอย 560 เมตร ภายในตัวอาคารได้แบ่งออกเป็นโซน จำนวน 5 โซน ประกอบด้วย
โซนที่ 1 เล่าขานตำนาน
โซนที่ 2 ราคแห่งความเชื่อ
โซนที่ 3 สถิตในศรัทธา
โซนที่ 4
4.1 ปฐมกาลมหานที
4.2 จารีตและวิถี
โซนที่ 5 ชีววิทยาพญานาค
โซนที่ 1 เล่าขานตำนาน
โซนที่ 2 รากแห่งความเชื่อ
โซนที่ 3 สถิตในศรัทธา
โซนที่ 4
4.1 ปฐมกาลมหานที
4.2 จารีตและวิถี
โซนที่ 5 ชีววิทยาพญานาค